Au moment de quitter la figuration, vers 1956, Jean-François Comment aborde une nouvelle technique, celle du vitrail, à travers une importante commande pour la chapelle de l’hôpital de Porrentruy.
L’artiste se lançait d’abord dans une abondante série de projets, en couleurs, des petits formats n’excédant pas trente ou quarante centimètres. Une fois le choix définitif effectué, une maquette au dixième était réalisée, à l’intérieur de laquelle le jeu des couleurs pouvait s’affiner. Enfin, une maquette en taille réelle, sur papier, était agrafée au mur, avec le dessin des formes en noir, et l’artiste finalisait le jeu des couleurs.
Après cela, il y avait le choix de nuances de verre à découper, dans l’atelier du maître-verrier.