Souffrant d’insoutenables douleurs au dos, Jean-François Comment est hospitalisé en juillet. Au bout d’un mois, son état se dégrade brusquement, et les soins intensifs ne pourront éviter l’issue fatale. Il décède le 4 septembre 2002 au matin.

Œuvres exposées au musée du Locle (autour de Lermite), automne 2002.
Œuvres exposées à la Fondation Saner, à Studen (collection Bloch, Courtelary), automne 2002.
Rétrospective 1974-2002, abbatiale de Bellelay, été 2003.
Aquarelles, galerie Jonas, 2004.
Espace Courant d’Art, à Chevenez, 2004.